Si tenéis archivos cuyas rutas superen el tamaño de 256 caracteres, DeltaCopy o rsync que es quien realiza realmente la sincronización, puede encontrarse con la imposibilidad de copiado. También es posible encontrase con problemas al copiar archivos con caracteres unicode.
Para solucionar el problema es necesario actualizar las librerias cygwin, que proporcionan soporte a comandos linux. Las tenéis disponibles en la fuente que he consultado.