En el caso de necesitar que un servidor de windows se comporte como un destino de rsync, se dispone la la utilidad DeltaCopy. Su instalación es muy sencilla y en escasos pasos se dispone de un repositorio totalmente funcional.
En mi caso lo utilizo para hacer un backup de un servidor con xpenology (del que hablaré en otra entrada).
Al abrir la aplicación aparecen dos pestañas: en la primera se configura el servicio (básicamente iniciar y parar), y otra pestaña donde se configuran los directorios virtuales (modules de rsync). Es muy aconsejable establecer autenticación para aportar más seguridad.